北京协和医学院基础医学实验教学中心组建于1997年。中心包括形态学、机能学、分子-细胞-遗传学病原-免疫学四个教学实验室,涵盖了基础医学实验教学的所有范围中心教学实验室面积1796平方米仪器设备价值2400万元,开设各类实验课程20多门,可同时容纳200多名学生进行实验。中心坚持以人为本,加强实践教学,创建独立的、富有创新特色的实验课程,为临床医学八年制和所有医学专业和其他专业的研究生开展医学实验和实践提供学习平台。1998年机能实验室承担北京市教委的高教教改试点项目,将教学内容有机重组,创建了综合实验课,该成果获得2001年北京市教育教学成果二等奖。1999年实验教学中心的形态、病原免疫、机能实验室按照教育部《高等学校基础课教学实验室评估实施细则》六项39条标准接受了北京市教委组织实施的考核,中心顺利通过了教学实验室评估验收,获得“合格实验室”称号。1999年在北京市红十字会支持下,中心成立志愿遗体捐献接受站。本中心于2007年先后被评为北京市实验教学示范中心和国家级实验教学示范中心。目前,中心已成为学校基础医学教学改革的重要支柱、创新人才的培养的基地。

实验教学中心实行学校和学院领导下的主任负责制。中心拥有一支兼具教研热情和学术底蕴的实验教师队伍,中心坚持以学生为本,以培养学生实践创新能力为核心,贯穿现代医学整体系统的教学理念,建立四大实验教学平台,力求形式多样、层次丰富,设立基础和经典性实验、综合性实验、设计性实验;开展科研训练、课外科研活动强调学科融合构建综合性实验教学平台大幅增加综合性、设计性实验的比重,深化实验内容微观与宏观结合,形态与机能结合,临床基础与结合利用我校科研优势提升实验教学质量,科研骨干授课,实验课程融入研究思维和手段;创立科研训练课、提倡课外科研活动,8年连续科研训练促进学生知识、能力、思维、素质和胜任力的全面可持续发展。

实验教学中心成立以来,学校投资了大量资金进行设备购置和实验室改造,明显改善了实验教学环境。在教学中,中心秉承整合资源,集中优势,努力实现学科交叉和融合,突出创新”的改革思路,不断探索取得了良好的效果。中心在课程设置、学生培养等方面更新了教学理念,进行了大胆的改革和探索,取得了显著的成效,同时,中心不断完善人员管理体系,健全各类规章制度,鼓励教学研究改革,充分开放共享资源,起到了良好的辐射和示范作用。实验中心信息化平台依托于基础学院,于2009年10月起建立了实验教学中心网站,于2016年进行了网站更新。属下的每个实验室均配有多媒体教学设备并有网络端口与中心网络平台互通,实现了中心运行和实验室信息的网络化。