北京协和医学院基础医学实验教学中心组建于1997年,实验用房使用面积1796平方米,包括形态学、分子-细胞-遗传学、机能学和病原-免疫学四个教学实验室,涵盖了基础医学实验教学的所有范围。中心承担了20余门课程的实验课教学,实验项目总计200余个,我校实验教学与其他医学院校在使用大型科研仪器方面相比具有非常明显的优势,这完全得益于我校与中国医学科学院基础医学研究所二位一体的行政体制。医学分子生物学国家重点实验室、大型仪器中心均拥有一大批性能优良、技术手段先进的检测和分析仪器,这些仪器既为科研工作服务,同时也面向八年制本科生的实验教学和科研训练课全面开放,充分利用这些先进的仪器设备对培养高素质的医学生具有十分积极的作用。在教学中,中心秉承“整合资源,集中优势,努力实现学科交叉和融合,突出创新”的改革思路不断探索取得了良好的效果。

      实验教学中心信息化平台依托于基础学院。于2009年10月起建立了实验教学中心网站,于2016年进行了网站更新。属下的每个实验室均配有多媒体教学设备并有网络端口与中心网络平台互通,实现了中心运行和实验室信息的网络化。