北京协和医学院基础医学实验教学中心组建于1997年，1999年中心顺利通过了北京市教委组织实施的教学实验室评估验收，获得“合格实验室”称号。同年，在北京市红十字会支持下，中心成立志愿遗体捐献接受站。2007年，中心先后被评为北京市实验教学示范中心和国家级实验教学示范中心。目前中心下设形态学、机能学、分子细胞遗传学和病原免疫学四个教学实验室，教学实验室总面积3048.3㎡平方米；拥有仪器设备558台，总值约1028万元；开设各类实验课程31门，实验项目总计302项，虚拟仿真实验项目84项，支撑了临床医学专业本科生和基础医学、生物学、药学等专业研究生的基础医学实验教学，同时提供了创新研究的实践平台。

中心自成立以来，学校针对中心平台建设、实验空间改造和设备设施优化提供了大量的资源支持。中心实行主任负责制，实体化运行，拥有一支专职与兼职相结合、兼具教研热情和学术底蕴的实验教师队伍。组建中心的建设和运行管理委员会，负责落实中心的日常建设与监督。成立实验教学中心教学指导委员会，针对中心的发展规划、实验教学体系建设、教学改革项目、重大交流活动等进行指导。为进一步规范中心的管理体制，学校制定《北京协和医学院基础医学国家级实验教学示范中心管理办法》，就中心的运行机制、管理体系和考核评估等工作进行了规范和要求。同时中心也不断完善内部制度、优化工作机制，目前建立内部制度8项,涵盖日常实验教学管理、实验室与环境、实验室安全、设备管理、学生守则、实验动物使用与管理、工作人员职责等内容，保障了日常管理和教学开展。

教学中，中心秉承“整合资源，集中优势，突出创新，注重学科交叉与融合”的改革思路，以学生为本，以学生创新实践能力培养为核心，形成基于现代医学整体观的实验教学理念，不断更新教学内容与方法，打造出基础和经典性实验、综合性实验、设计性实验相结合的实验课程体系。强调学科融合，注重微观与宏观相结合，形态与机能相结合，临床与基础相结合；大幅增加综合性、设计性实验的比重，不断深化实验内容；依托我校科研优势提升实验教学质量，调动科研骨干参与授课，实验课程融入前沿研究思维与方法；创立科研训练项目、鼓励课外科研活动及8年全程科研训练。通过形式多样、层次丰富的实践教学促进学生知识、能力、思维、素质和胜任力的全面可持续发展。

在新的发展形势下，实验中心推进信息化管理平台建设。2016年以来对中心网站不断进行升级优化，逐步实现中心运行和实验室管理的信息化，以及实验教学的数字化，为中心开放共享资源、发挥辐射示范作用提供了支撑。